藍田書院歷經滄海桑田,門窗、匾聯、彩繪等皆遭毀損,南投縣政府於86年進行修復工程,盡力保存原貌,其中象徵「藍田書院」的匾額曾遭不當油漆過,因此修護過程中以傳統坯土、礦物顏料、銅油及蘇式彩繪等,展現古蹟的意義。
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